杭州市余杭区国家税务局按行政区划分别设置塘栖税务分局、余杭税务分局、瓶窑税务分局等3个税务分局，级别为正科级。
税务分局负责对所辖纳税人的监控、管理和服务，具体负责所辖调查核实纳税户税务登记及纳税申报、进行税源预测和分析、重点税源管理跟踪监控、税收宣传、纳税辅导、税收调研、纳税服务、日常检查、户籍管理、政策送达、税源调查、定额核定、催报催缴、数据采集分析、处理一般性违规违章行为等。
负责纳税人到税务机关办理的相关涉税事项，具体包括税务登记、纳税申报、税款征收、税款解缴、欠税公告、发票购销、税法(宣传)公告、发票代开、报税稽核、咨询辅导和受理纳税人涉税项目审批申请等工作。
税务分局设置综合股、纳税服务股、税源管理一股、税源管理二股、税源管理三股、税源管理四股等6个内设股室。
1、综合股
负责分局所辖纳税人的户籍管理及税务登记、变更、停(复)业、注销、非正常户等管理工作;负责增值税一般纳税人资格及其管理类别的相应管理工作;负责福利企业的年检年审的相应工作;负责流转税、所得税等税种税政业务审批项目的审核;按上级要求负责金税工程的计划和推广工作;按权限负责发票领用资格的审核、上报工作;负责对分局涉税业务的政策指导、监督、检查工作;负责与业务主管部门的日常工作联系和税收政策的上情下达;负责分局征管质量工作的指导、分析、监督、检查;负责分局思想政治、纪检监察、行风建设、教育培训、信息调研、公文处理、后勤保障、出纳、财物管理、卫生管理、车辆管理、安全保卫、临时人员、离退休干部管理等工作;负责组织实施分局税收执法质量考核和"两级质检"工作;承办领导交办的其它工作。
2、纳税服务股(办税服务厅)
负责纳税人到税务机关办理的各种涉税事项杭州财税局，具体包括纳税申报、税款征收、税款解缴、欠税公告、发票购销、发票代开、税法宣传、金税发售、报税稽核、咨询辅导和受理各类税务文书申请;受理税务行政许可事项申请;处理一般性违规违章行为;开具外出经营税收管理证明、销货退回(折让)证明等单证;负责税收票证的管理;承办领导交办的其它工作。
分局所属办税服务厅对外服务的名称统一为"杭州市余杭区国家税务局XX分局办税服务厅"。
3、税源管理一股
根据上级布置和分局征管工作要求，负责所辖纳税人的流转税、所得税等多个税种的纳税评估、日常稽核和日常管理性检查的实施工作;负责所辖范围内增值税一般纳税人、所得税重点企业的具体纳税评估工作和上级机关部署的重点评估企业的纳税评估工作;及时报送纳税评估案例及相关材料。
4、税源管理二股
负责对分局所辖企业(大型企业、重点税源企业和涉外企业除外)的监控、管理和服务，具体负责所辖调查核实纳税户税务登记及纳税申报、进行税源预测和分析、税源管理跟踪监控、税收宣传、纳税辅导、税收调研、纳税服务、纳税评估、日常检查、户籍管理、政策送达、税源调查、定额核定、催报催缴、数据采集分析、处理一般性违规违章行为等。
5、税源管理三股
负责对分局所辖个体工商户的监控、管理和服务，具体负责所辖个体工商户税务登记、建帐建证、定额管理、催报催缴、税收宣传、纳税辅导、数据采集分析、处理一般性违规违章行为等。
6、税源管理四股
承担对分局所辖大型企业和重点税源企业提供纳税服务工作;承办汇总(合并)纳税企业、重点税源企业的纳税评估、税收日常检查的有关工作。贯彻执行国家涉外税收法律法规，根据上级要求杭州财税局，配合有关部门组织实施反避税检查，具体负责税收协定执行、反避税实施、涉外税务审计、外国居民税收监管、情报交换、国际税务管理合作等;负责所辖外商投资企业、外国企业的税源管理工作，负责特别纳税调整工作的具体实施。
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